1. dbanie o zachowanie substancji zabytkowej obiektów wchodzących w skład Zamku w Malborku jako najwyższej rangi pomnika historii i architektury oraz ważnego elementu dziedzictwa światowego;
2. dbanie o zachowanie substancji zabytkowej obiektów wchodzących w skład Zamków w Kwidzynie i Sztumie;
3. upowszechnianie podstawowych wartości historii, nauki i kultury polskiej oraz światowej, jak również umożliwienie korzystania ze zgromadzonych zbiorów.

1. gromadzenie zabytków, pamiątek historycznych, materiałów dokumentacyjnych, książek i archiwaliów, związanych z zakresem działania Muzeum, pozyskiwanych w drodze zakupów, darowizn, zapisów, przekazów, depozytów oraz badań i ekspedycji naukowych;
2. katalogowanie i naukowe opracowywanie zgromadzonych zbiorów;
3. przechowywanie gromadzonych zabytków, w warunkach zapewniających im właściwy stan zachowania i bezpieczeństwo, oraz magazynowanie ich w sposób dostępny do celów naukowych;
4. zabezpieczanie i konserwację zbiorów oraz utrzymywanie we właściwym stanie terenu Muzeum wraz ze znajdującymi się na nim zabytkowymi budowlami;
5. przygotowywanie i organizowanie wystaw stałych oraz wystaw czasowych w kraju i za granicą;
6. organizowanie i prowadzenie badań i ekspedycji naukowych, w tym archeologicznych;
7. upowszechnianie i popularyzowanie w kraju i za granicą wiedzy o Muzeum umożliwiającej pełne jego poznanie;
8. prowadzenie działalności edukacyjnej;
9. popieranie i prowadzenie działalności artystycznej, w tym realizacja przedsięwzięć plenerowych promujących Muzeum i jego zbiory;
10. udostępnianie zbiorów do celów edukacyjnych i naukowych;
11. zapewnianie właściwych warunków zwiedzania oraz korzystania ze zbiorów i zgromadzonych informacji;
12. prowadzenie działalności wydawniczej, w tym opracowywanie, publikowanie i upowszechnianie  katalogów  zbiorów i wystaw, publikowanie i rozpowszechnianie wydawnictw z zakresu działalności Muzeum;
13. organizowanie i współorganizowanie zjazdów, spotkań i konferencji naukowych związanych z zakresem działania Muzeum;
14. współpracę z krajowymi i zagranicznymi instytucjami, muzeami, administracją rządową i samorządową, oraz organizacjami pozarządowymi, mediami a także innymi osobami prawnymi, jednostkami organizacyjnymi nieposiadającymi osobowości prawnej oraz osobami fizycznymi.

1. obiekty archeologiczne z terenu Zamku w Malborku, Kwidzynie i Sztumie oraz obszaru historycznych Prus;
2. dokumenty historyczne i materiały archiwalne, związane z dawnym państwem krzyżackim, w szczególności z Zamkiem w Malborku, Zamkami w Kwidzynie i Sztumie oraz pozostałymi zamkami krzyżackimi, ze szczególnym uwzględnieniem dziejów ich konserwacji;
3. dzieła sztuki i rzemiosło artystyczne, związane z wyposażeniem Zamku w Malborku oraz muzealne kolekcje artystyczne: malarstwa, tkanin, witraży, rzeźby, sztuki zdobniczej, mebli, bursztynu, militariów, grafiki, ceramiki i numizmatów.